Izolace
Po dosednutí velitelského modulu byly nafouknuty obrovské gumové plováky, které udržely velitelský modul na hladině. Do pěti minut byly u velitelského modulu helikoptéry s žabími muži opatřenými speciálními biologickými obleky. První skupina „žabáků“ se vydala pomoci posádce Apolla 11 při výstupu z lodi a zajištění velitelského modulu. Druhá skupina žabích mužů shodila z helikoptéry do již otevřených dveří velitelského modulu biologické kombinézy pro trojici astronautů. Poté se mohli astronauti přemístit do gumových člunů a začalo kropení astronautů, žabích mužů, člunů a kabiny speciální dezinfekcí kvůli zabránění zavlečení lunárních mikrobů na Zemi. Bylo zde také riziko, že by mikrobi byli rezistentní vůči dezinfekci a dostali by se do moře. Toto riziko NASA podstoupila, jelikož nebylo, dle jejích slov, žádné jiné možné bezpečnostní opatření.
Trvalo celou hodinu, než byl Aldrin vytažen na palubu helikoptéry vybavenou speciální kabinou biologické ochrany. Následoval Collins a dle tradice poslední opustil loď velitel. Vrtulník po čtyřech minutách letu dosedl na palubu letadlové lodi Hornet a ihned sjel s astronauty do podpalubí, kde byla připravena mobilní karanténní stanice.
O den později odstartovaly z Hornetu dva letouny, z nichž jeden dopravil mobilní karanténní stanici s astronauty do Houstonu, druhý do téhož místa dopravil vzorky a filmy z Měsíce.
V Houstonu byla za 15 milionů dolarů vytvořena speciální karanténní stanice, která musela být po přistání astronautů izolována z důvodů možnosti infikování neznámými mikroby, které by mohly ohrozit lidstvo. Třípatrová budova označována LRL (Lunar Receiving Laboratory) vytvořila na dva týdny nový domov astronautům Apolla 11. Po příletu se zde nacházelo dvanáct členů obsluhy: internista, lékařští technici, výpočtáři, číšníci, fotograf a tiskový mluvčí. V případě problémů mohlo v zapečetěné laboratoři pracovat až sto lidí.
LRL se skládal z operačního sálu, lékařské ordinace, haly pro sportovní hry, pracovny a konferenční místnosti. V případě nehody byl v celé budově udržován podtlak. Pokud by tedy nastal únik, vzduch by začal proudit do budovy.
Nejvyšší patro bylo vyčleněno pro zkoumání vzorků z Měsíce. Centrum tohoto patra tvořila místnost na obou stranách prosklená. Z těchto skel vyčnívaly pouze návleky na ruce, pomocí kterých se mohlo zacházet s lunárním materiálem. Všechny pokusy byly také řízeny dálkově. Veškeré vybavení dodaly atomové laboratoře v Oak Ridge.
V neděli 10. srpna byli astronauti propuštěni z karantény a mise Apolla 11 mohla být prohlášena za úspěšnou. Tři dny nato už absolvovali Armstrong, Aldrin a Collins cesty po velkých městech Spojených států, kde byli uvítáni jako hrdinové. Za jejich odvahu jim prezident Nixon předal nejvyšší americké vyznamenání – medaili Svobody.
Buzz Aldrin a výkaz služební cesty
Stejně jako všichni Američané vracející se ze služební cesty ze zahraničí, tak i astronaut B. Aldrin musel vyplnit zprávu o výdajích a celní formulář, když se vrátil z Měsíce. Buzz Aldrin sdílel 30. června 2015 na svém Twitterovém účtu dokumenty, které obsahují podpisy posádky Apolla 11 a celního inspektora z Honolulu, a jeden z nejpodivuhodnějších rozpisů tras v historii výkazu služebních cest: z Floridy na Měsíc, do Tichého oceánu, na USS Hornet, na Hawaii a zpět do Houstonu.
Aldrin požadoval po NASA 33,31 dolarů (dnes zhruba 215 dolarů po započtení inflace) za jeho cestovní výdaje. Nejspíše se jednalo o náklady na cestu autem mezi jeho domem a Ellingtonskou vojenskou základnou v Houstonu v Texasu. Zajímavé je, že si Aldrin našel na vyplňování cestovního příkazu čas při pobytu v lunárním modulu na Měsíci.